Η Β΄ Πανεπιστημιακή Ουρολογική Κλινική, ανήκει στο Χειρουργικό Τομέα και βρίσκεται στο παλαιό κτίριο του Νοσοκομείου καταλαμβάνοντας τμήμα του πρώτου και δεύτερου ορόφου.

Αποτελείται από 14 θαλάμους, εκ των οποίων οι 10 είναι τριών κλινών και οι υπόλοιποι 4, τεσσάρων κλινών.

Στην κλινική νοσηλεύονται, ετησίως, περίπου 2.000 ασθενείς, ενώ άλλοι τόσοι εξετάζονται στα τακτικά εξωτερικά ιατρεία της κλινικής.

Στον πρώτο όροφο βρίσκονται η μονάδα λιθοθρυψίας με δύο σύγχρονους λιθοτρίπτες και θαλάμους για την νοσηλεία των ασθενών που υποβάλλονται σε λιθοθρυψία, εφόσον αυτή απαιτείται, η μονάδα παθήσεων προστάτου με τη δυνατότητα διενέργειας υπερήχων και διορθικών βιοψιών, καθώς και το πλέον σύγχρονο τμήμα μελέτης ακράτειας, ουροδυναμικού ελέγχου, αλλά και αξιολόγησης λειτουργικών συνδρόμων.

Καθημερινά λειτουργούν τακτικά εξωτερικά ουρολογικά ιατρεία, στο ισόγειο του νέου κτηρίου του νοσοκομείου, με επανδρωμένη κυστεοσκοπική αίθουσα στην οποία διενεργούνται ετησίως περίπου 1800 κυστεοσκοπήσεις, 700 αλλαγές ουρητηρικών καθετήρων (pig tail) και πάνω από 1100 ενδοκυστικές εγχύσεις διαφόρων φαρμάκων.

Επίσης λειτουργούν και εξειδικευμένα τμήματα όπως ιατρείο προστατίτιδας, παθήσεων προστάτου και ανδρολογικό ιατρείο.

Στην Κλινική εκτελείται όλο το φάσμα της χειρουργικής ουρολογίας (ενδοσκοπία, διαδερμικές επεμβάσεις, λαπαροσκοπικές επεμβάσεις, επεμβάσεις για την αντιμετώπισης της ακράτειας των ούρων, καθώς και laser προστατεκτομές) σε καθημερινή βάση, σε 12 χειρουργικές αίθουσες εβδομαδιαίως, με τον πιο σύγχρονο εξοπλισμό.

Εκτός από το κλινικό, σημαντικό είναι το εκπαιδευτικό και επιστημονικό έργο της κλινικής το οποίο περιλαμβάνει τη διδασκαλία των φοιτητών του Πανεπιστημίου Αθηνών, διαλέξεις μετεκπαιδευτικά μαθήματα, δημοσιεύσεις σε Ελληνικά και Διεθνή συνέδρια καθώς και σε έγκυρα περιοδικά.