Το Β΄Παθολογικό Τμήμα ανήκει στον Α΄Παθολογικό Τομέα και στεγάζεται στον β΄ όροφο του κτιρίου Ν4. Το τμήμα διαθέτει 15 θαλάμους και 39 κλίνες των οποίων η αρίθμηση ξεκινά από τον αριθμό 300 έως τον 314. Ο θάλαμος 300 είναι μονόκλινος (θετικής πίεσης) και λειτουργεί για λοιμωξιολογικά περιστατικά.

Οι θάλαμοι 301-312 διαθέτουν 3 κλίνες. Οι θάλαμοι 311 και 312 είναι θάλαμοι αρνητικής πίεσης, διαθέτουν από 2 κλίνες, μόνιτορ παρακολούθησης ασθενών και πλήρη εξοπλισμό αντιμετώπισης ασθενών οι οποίοι χρήζουν νοσηλείας σε θαλάμους αρνητικής πίεσης. Οι θάλαμοι 313και 314 διαθέτουν από 2 κλίνες και ανήκουν στη Μονάδα Ειδικών Λοιμώξεων του Σισμανογλείου Νοσοκομείου.

Στο Β΄Παθολογικό Τμήμα υπάγεται και η ΜΕΛ (Μονάδα Ειδικών Λοιμώξεων) του Σισμανογλείου η οποία νοσηλεύει ασθενείς με HIV λοίμωξη και στην οποία πολύ συχνά διακομίζονται ασθενείς από διάφορα τμήματα του νοσοκομείου αλλά και από άλλα νοσοκομεία που δεν διαθέτουν ανάλογες μονάδες.

Επίσης στο Β΄Παθολογικό Τμήμα ανήκει και το Ιατρείο Ειδικών Λοιμώξεων στο οποίο εξετάζονται και παρακολουθούνται εξωτερικοί ασθενείς με HIV λοίμωξη οι οποίοι είναι καταχωρημένοι σε ηλεκτρονική μορφή.

Το Β΄Παθολογικό Τμήμα εξειδικεύεται στην αντιμετώπιση ασθενών με λοιμωξιολογικά προβλήματα και με Σακχαρώδη Διαβήτη. Ο αριθμός των ασθενών που νοσηλεύονται ετησίως στο Τμήμα ανέρχεται περίπου στους 1434.